构建进化树

1. PhyML

构建进化树方法:Maximum Likelihood

评估:选择bootstrap或者Likelihood-ratio test

运行方式:所有平台和网页

心得:理论上支持4000条序列,小于2000000个字符。但是,对于个人电脑,通常100-200条序列比较合适。命令行运行时,可以选择非常简介的默认模式运行。在默认模式下,bootstrap需要手动开启。安装和使用非常方便,直接下载后可以直接使用。同时,bootstrap可以通过MPI分布计算,但是需要从源代码安装。

快速运行

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phyml -i align_file.phy --no_memory_check
  • -i:后跟需要Phylip格式文件
  • --no_memory_check:不用检查内存,防止程序运行时跳出

2. RAxML

构建进化树方法:Maximum Likelihood

运行方式:所有平台和网页。

心得:推荐网页运行,支持数据的存放和其他构建进化树的方法。本地安装支持MPI和PThreads的分布计算,但是安装有些复杂,需要仔细阅读文档。

快速运行1

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raxmlHPC-PTHREADS-AVX -x 12345 -p 12345 -# 100 -m GTRGAMMA -T 4 -s align_file.phy -n TEST
  • -x:bootstrap运行时设定随机数,用于结果重现
  • -p:parsimony推断时设定随机数,用于结果重现
  • -#:bootstrap次数。也可以设定为autoMRE,最大次数是1000。
  • -m:设定使用的模型,GTRGAMMA为核苷酸序列适用模型
  • -T:设定线程数,不要超过最大线程
  • -s:输入文件,Phylip或者fasta文件
  • -n:输入文件记号

快速运行2

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raxmlHPC-PTHREADS-AVX -f a -x 12345 -p 12345 -# autoMRE -m GTRCAT -T 4 -s align_file.phy -n TEST
  • -f a:选定算法,快速bootstrap

展示进化树

1. iTOL

运行方式网页

心得

  • 用户可以添加很多自定义的项目,丰富和完善自己的进化树,比如添加柱状图、蛋白结构域、heatmap、基因平行转移(horizontal gene transfer)等;

  • 如果输入NCBI taxonomy编号,能够自动转化成物种名称;支持鼠标点击交互式运行,非常方便。 心得:可以在网站上建立自己的帐号,之后设定不同的project展示和存放自己的项目。尝试构建了2000条左右的序列,显示完全没有问题。

更新记录

2014年5月1日

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