在进行RNA-seq数据分析时,需要从UCSC Table下载各种注释信息。比如Cufflinks等要求的转录组注释信息、Cufflinks建议去除的rRNA/tRNA/线粒体组注释。

1. 基因注释信息

下载转录组Ensembl注释文件:

UCSC下载Ensembl注释

在“table”选择中,ensemblSource表示Ensembl类型注释,ensemblToGeneName表示Ensembl到基因名注释对应。

2. rRNA注释信息

分为两步:

第一步, “table”选择wgEncodeGencodeBasicV19

UCSC下载rRNA注释

第二步,按照下图编辑“filter”。

UCSC下载rRNA注释Table

UCSC下载rRNA注释筛选

3. tRNA注释信息

分为两步:

第一步,“track”选择 tRNA Genes

UCSC下载tRNA注释

第二步,保留pseudo tRNA注释。

UCSC下载tRNA注释

4. 线粒体基因组注释

分为两步:

第一步, “table”选择wgEncodeGencodeBasicV19

UCSC下载chrM注释

第二步,按照下图编辑“filter”。

UCSC下载chrM注释筛选

参考资料

更新记录

2015年6月1日

Comments