HISAT2使用问答
HISAT2是一款用于“对应(map)”二代测序数据(全基因组、转录组和外显子组)至目标基因组的工具,用来替代HISAT和TopHat2。本文汇集一些使用HISAT2的常见问题问答。
1. 如何解读HISAT2的输出统计?
一个常见的双端测序样本HISAT2输出统计:
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 |
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总共10000对reads;
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8823对concordant pairs(一对既方向匹配又有合适距离的reads)有1次精确比对;527对concordant pairs有1次以上比对;34对disconcordant pairs;
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616对不是concordant pairs,也不是disconcordant pairs中,571个reads有1次精确比对;1个read有1次以上比对;660个reads没有比对成功。
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因此,整体比对率为1 - (660 / 2) / 10000
2. 使用HISAT2前,是否需要对原始数据进行清洗?
需要。
更新记录
2016年9月10日