在二代测序数据分析中,非常重要的一步是将测得的短序列“对应”到基因组上。所使用的工具被称为“短序列比对工具(short sequence aligners)”。以下是一些常用工具的介绍。

1. Bowtie

简介Bowtie2是现在广泛使用的序列比对工具。

运行方式:所有平台

特点

  • 相比较Bowtie1,处理大于50bp的短序列,速度更快、也更敏感。Bowtie1在处理小于50bp的短序列上,效果更好。

  • iGenomes提供一些事先编排(index)的基因组。