安装和使用Octopress的一些注意事项,详细的内容可以参考网址

1. 安装

请参考官网,其他的博客介绍的安装已经失效或者错误。

常用命令:

1
2
# 预览,可自动更新。使用Ctrl+c终止。
$ rake preview

2. Ruby版本调整

因为Octopress需要使用Ruby旧版本,推荐使用RVM安装Ruby 1.9.3版本。在安转过程中可能会出现"gpg: Can't check signature: public key not found"的错误提示,需要执行一下类似命名,添加公用匙。

1
$ gpg2 --keyserver hkp://keys.gnupg.net --recv-keys D39DC0E3

使用以下操作设定ruby版本:

1
2
$ source ~/.rvm/scripts/rvm
$ rvm use 1.9.3

This is my first post. I want to say something. Then say something.

This is a piece of html code <html>

1
2
3
def what?
  42
end

TopHatCufflinks和cummeRbund,被称为处理RNA-seq数据的“燕尾服(tuxedo)”。TopHat负责RNA-seq的reads映射比对到基因组,并且自动识别mRNA“内含子-外显子”剪切;Cufflinks擅长组装转录组和寻找差异表达基因(或转录起始位点TSS等);cummeRbund主攻数据可视化。

最新版本的R已经内置parallel包,parallel包是从snow包和multicore包继承而来,包含了很多非常好用的函数。parallel包可以通过PVM(rpvm包)、MPI(Rmpi包)、NetWorkSpaces(nws包)和raw sockets(如果以上3种都不能使用)平台进行分布计算,支持cluster和多核个人/服务器计算机。在Linux系统上,通常使用openMPI

1. 安装Rmpi

因为使用openMPI,所以parallel包需要Rmpi包来设定节点,所以首先需要在计算机上安装openMPI。

构建进化树

1. PhyML

构建进化树方法:Maximum Likelihood

评估:选择bootstrap或者Likelihood-ratio test

运行方式:所有平台和网页

心得:理论上支持4000条序列,小于2000000个字符。但是,对于个人电脑,通常100-200条序列比较合适。命令行运行时,可以选择非常简介的默认模式运行。在默认模式下,bootstrap需要手动开启。安装和使用非常方便,直接下载后可以直接使用。同时,bootstrap可以通过MPI分布计算,但是需要从源代码安装。

快速运行

1
phyml -i align_file.phy --no_memory_check