我最近看到Nature的一篇报道,讲述一些小的改进能提升文章的审稿速度。内容包括了草稿排版、写作和图表等方面,简要摘录关键信息。尽管遵循这些建议不会增加或减少文章被接受的概率,但能更加清楚地向读者和审稿人展现自己文章的核心内容。

1. 两两比对

组A vs. 组B。

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DataFrame with 12 rows and 2 columns
         condition genotype
          <factor> <factor>
sample1          A        I
sample2          A        I
sample3          A        I
sample4          A       II
sample5          A       II
...            ...      ...
sample8          B        I
sample9          B        I
sample10         B       II
sample11         B       II
sample12         B       II

1. 使用dplyr包的好处

  1. 大多数时间在操作tbl_df对象,而不是data.frame(特别是含有factordata.frame)。

  2. magrittr包的管道更好地结合。

  3. 更丰富的列操作,例如mutateselectgroup_by会节省很多for循环。

1. R性能检测

直接使用profvis包即可,例如示例

2. Rcpp性能检测

2.1 安装依赖软件

Pre-requested tools
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$ sudo dnf install gperftools-devel google-perftools graphviz ghostscript kcachegrind