本文收集了一些常用参考基因组的下载网址和补充说明。

  1. NCBI genome

  2. Ensembl FTP

  3. UCSC FTP:cytoband文件可能含有gneg等标识,其中acen表示着丝粒区域、stalk表示近端着丝粒区域、gvar表示异染色质,例如臂间或端粒区域。

  4. GENCODE:只有人和大鼠,注释较好。

  5. iGenomes:部分模式生物bowtie、bowtie2和BWA索引基因组。

  1. HISAT2:部分模式生物HISAT2索引基因组。

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2018年8月6日

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